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一、操作问题
（一）何时能够对发票进行勾选处理操作？
答：纳税人上月申报期结束后第一日到当月申报截止期前2日可进行勾选确认发票，归属于当月申报期。(例如：上月和本月申报期均为15日，当期勾选、确认时间为当月16日到次月13日)。
（二）确认勾选操作每个月能够执行几次?是必须执行的吗？
答：1.确认操作每个月可以多次执行。
2.平台已取消了原有的月底最后一天自动确认功能，为保证企业的正常抵扣，每个税款所属期操作员必须进行至少一次手工确认。
3.如纳税人当月未勾选发票，无需专门执行勾选或确认操作。
4.当月已勾选未确认的发票，在当期结束后，平台将自动将已勾选未确认的数据回退为未勾选状态，视同当月未做勾选，符合抵扣的时限规则时可在下期继续进行勾选。
（三）当期申报之后是否可以进行当期的勾选确认操作？
答：当期申报完成之后再进行勾选确认的当期发票，将不能参与当期的申报抵扣，也不能参与下期的申报抵扣，为避免损失，请纳税人确认当期所有发票全部勾选确认后，再进行本期的纳税申报。
（四）发票勾选结果是否可以撤销?
答：已勾选但尚未进行确认操作的发票，纳税人可以在允许的勾选、确认期间内撤销之前的勾选操作结果。
（五）什么情况下不可以执行发票勾选或撤销勾选操作?
答：1.已超过当期的勾选、确认时间；
2.发票状态为非正常(含作废、失控、红冲等)的发票；
3.已通过扫描认证的发票(当月已认证的发票在增值税发票查询平台的对应税款所属期中会进行显示，默认置为已勾选状态且状态不可变更，说明纳税人已通过扫描认证的方式采集了发票信息)。
（六）纳税人需要查询勾选的发票较多，如何提高处理效率?
答：纳税人需查询勾选的发票较多，尤其超过1000张时，可能出现翻页、勾选较慢，系统效率低的问题，建议纳税人设置查询条件时，输入较短的开票日期间隔，分批进行查询勾选。同时，建议使用批量勾选功能完成勾选。
（七）批量勾选的文件格式有何要求?
答：1.批量勾选上传的文件格式为excel 2003格式(。xls文件)；
2.单元格内容依次为是否勾选、发票代码、发票号码、开票日期、销方名称、金额、税额；
3.所有单元格为文本格式，开票日期为YYYY-MM-DD格式的数字，如2016-07-05;勾选状态只能为：是、否。上传文件前，请先核对需要勾选的发票其“是否勾选”列数值是否为“是”，否则无法实现批量勾选处理。
（八）在发票查询平台中，批量勾选，下载的文件中，对于不想勾选的票的信息需要删除了再上传吗?
答：可以不用删除。不想勾选的票，直接在上传文件的“是否勾选”栏次选择“否”保存后上传即可。
（九）收到的纸质发票在增值税发票查询平台的发票勾选功能中始终无法检索到，原因是什么，如何处理?
答：系统的数据同步周期为1天，因此当天开具的发票无法在本平台进行检索；此份发票已经超过抵扣时限；此份发票在当期之前已经申报抵扣过了；开票方未及时联网上传发票信息至税务局端；发票可能为假发票。
（十）在增值税发票查询平台-确认勾选中，查询出来的发票明细是否包含网上认证的发票?
答：确认勾选模块，是实现操作员对勾选数据进行的确认操作，所以经操作员手工勾选、确认的发票均可以通过“确认历史明细”导出发票明细信息。只进行了扫描认证的发票，不会包含在“确认勾选”导出的发票明细中。
（十一）增值税发票查询平台可以打印勾选确认清单及汇总表吗?
答：操作员可以通过“确认勾选”模块，打印当期累计确认情况并导出当次勾选确认的发票明细情况;或通过“抵扣统计”模块，下载当期累计勾选确认的发票明细情况(抵扣统计数据截止至前一日)。
（十二）在哪里查询发票?
答：1.在“发票勾选”功能中，输入发票代码、发票号码、开票日期等信息可以查询待抵扣的发票信息；
2.也可以通过“发票查询”功能，进行单票查询或未到期发票查询(未到抵扣期限的发票)。
（十三）增值税发票查询平台推行后，原认证系统是否可以继续使用?
答：为了保证平稳过渡，两系统将并行一段时间，优先推荐纳税人使用增值税发票查询平台。
（十四）同一张发票既进行了发票勾选，又使用了扫描仪进行扫描认证，有什么影响?
答：增值税发票查询平台会汇集所有勾选确认和扫描认证的发票，并进行去重，不会出现重复抵扣问题;但为了避免引起纳税人的混淆，建议纳税信用A级、B级及营改增纳税人优先使用更为方便、高效、快捷的增值税发票查询平台替代原有扫描认证的方式。
二、业务问题
（一）取得增值税专用发票后怎样抵扣？
答：增值税一般纳税人购进服务、无形资产、不动产取得的属于增值税扣税范围的增值税专用发票，需认证相符或在增值税查询平台进行勾选确认后，其增值税额方能作为进项税额在销项税额中抵扣。
提示：认证结果“不符”或无法认证的不能抵扣进项。
（二）取得增值税专用发票多长时间内进行认证或勾选？
答：属于增值税扣税范围的增值税专用发票，应自开具之日起180天内进行认证或勾选。未在规定期限内认证或勾选，不得作为有效的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。
提示：超过180天无法进行认证或勾选。
（三）认证相符或勾选确认后，什么时候抵扣进项？
答：认证相符或进行勾选确认的增值税专用发票，纳税人应在认证相符或勾选确认的次月纳税申报期内申报抵扣，逾期的其进项税额不予抵扣。
例：某增值税一般纳税人2016年6月取得一份增值税专用发票，发票上注明金额100元，税额6元，并于当月在增值税发票查询平台对该发票进行了勾选确认。该纳税人应于7月申报期内申报抵扣进项税额6元，如7月未申报抵扣，则以后月份不得抵扣。
（四）每个税款所属期的勾选、确认时间范围如何计算?
答：增值税发票查询平台中，根据各区局设置的每月征期参数(即，申报截止期参数)，计算每个税款所属期的勾选确认时间范围。
1.当期勾选、确认时间起：税款所属期所属月份征期后的第二日开启当期的勾选、确认操作。
2.当期勾选、确认时间止：税款所属期所属月份下个月征期的前两日截止当期的勾选、确认操作。
(例如：2016年5月征期参数为16日，2016年6月征期参数为25日;则2016年5月税款所属期的勾选确认时间为2016.5.17至2016.6.23)
（五） “发票勾选”模块可以勾选的发票数据有哪些?
答：由增值税发票管理新系统开具以及2015年3月1日起使用扫描认证方式采集的、尚未申报抵扣(或退税)的增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票信息：
1.发票状态为正常且未超过抵扣时限的发票；
2.正常发票，作废、冲红、失控等异常发票不在勾选范围之内；
3. 已扫描认证的发票不能重复勾选。
（六）发票的抵扣期限如何计算?
答：增值税发票查询平台区分按月申报纳税人和按季申报纳税人分别计算其发票抵扣期限：
1.按月申报纳税人的发票抵扣期限为：税款所属期1日前180日之内开具的发票及税款所属期开具的发票；
2.按季申报纳税人的发票抵扣期限为：税款所属期季度首月1日前180日之内开具的发票及当季开具的发票。
（七）在增值税发票查询平台中用于出口退税的发票是否也可以勾选?
答：可以。按照现行政策，出口退税的专用发票本身也要进行扫描认证。所以，只要能在查询平台里查到的发票，都可以进行勾选。
（八）增值税发票查询平台中一张发票在勾选且确认之后，在金三系统查询不到信息，是什么原因?
答：查询平台和金三系统本身没有任何接口；当天进行确认的发票数据会在当晚与扫描认证数据一并进行汇集，供金三系统进行申报比对；但是发票本身不会推送至金三系统，所以不能在金三系统中进行查询。
（九）企业通过平台已经勾选了，结果发票丢失、损坏或者对方开错作废了，该怎么处理?如果企业要是通过平台勾选后，做了确认也做过申报抵扣了，又该怎么处理?
答：在发票进行确认之前，已勾选的发票都可以在“发票勾选”模块进行撤销勾选；已确认(或扫描认证的发票)后又变为异常发票后，可以在申报抵扣后再进行进项税额转出操作。
（十）丢失已认证相符或已勾选确认的增值税专用发票该如何处理？
答：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符或已勾选确认的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（以下简称《证明单》），可作为增值税进项税额的抵扣凭证；一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符或已勾选确认的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
（十一）丢失未认证或未勾选的增值税专用发票该如何处理？
答：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前未认证或未勾选的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证或直接在增值税发票查询平台进行勾选，认证相符的或勾选确认后凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
1.一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前未认证或未勾选，可使用专用发票发票联认证或直接在增值税发票查询平台进行勾选，专用发票发票联复印件留存备查。
2.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
（十二）三证合一的企业，老税号开的发票能否也在查询平台上进行操作?
答：如果税务机关在局端的金三系统正确的维护了新旧税号的对应关系且同步到了电子底账系统，则使用变更后的新盘即可查询到新、老税号的数据。否则只能查询到新税号的发票。此种情况需要与主管机关进行联系和核实。
